Çukurova Üniversitesi Sualtı Araştırma ve Uygulama Merkezi farklı akademik, kamu, özel ve uzmanlarla işbirliği yaparak Kuzey Doğu Akdeniz bölgesinde su kaynakları, kıyı alanları, kirleticiler, iklim değişikliği, küresel ısınma ile ilgili eğitim-öğretim, araştırma, yayın ve uygulama etkinliklerine yardımcı olmak, bölgedeki  sorunlarını saptamak ve bu konudaki sorunlara çözüm getirecek stratejiler belirlemek amacı ile T.C. Çukurova Üniversitesi’nin 21 Haziran 2011 tarihli Senato Kararı ve T.C. Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı’nın 15/09/2011 tarih ve B.30.0.EÖB-101.04-6115 sayılı yazısı uyarınca kurulmuştur.

Merkez Müdürlüğü ilk dönem Prof. Dr. Gökhan GÖKÇE tarafından, ikinci dönem Doç.Dr. Çağatayhan Bekir ERSÜ tarafından yürütülmüştür.  Üçüncü dönemde müdürlük görevine atanan Prof.Dr. Güray KILINÇÇEKER halen görevine devam etmektedir.